صدور فرمان انقلاب فرهنگی در دانشگاه‌ها
صدور پیام نوروزی امام خمینی (ره) در اول فروردین 1359 را باید نقطه عطفی در تاریخ انقلاب فرهنگی دانست. ایشان در بند 11 این پیام بر ضرورت ایجاد «انقلاب اساسی در دانشگاه‌های سراسر کشور»، «تصفیه اساتید مرتبط با شرق و غرب» و «تبدیل دانشگاه به محیطی سالم برای تدوین علوم عالی اسلامی» تأکید کردند.
پس از تعطیل رسمی دانشگاه‌ها، امام خمینی (ره) در 23 خرداد 59 فرمانی مبنی بر تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی صادر کردند که در قسمتی از فرمان ایشان آمده بود: «مدتی است ضرورت انقلاب فرهنگی که امری اسلامی است و خواست ملت مسلمان است، اعلام شده است و تاکنون اقدام موثری انجام نشده است و ملت اسلامی و خصوصاً دانشجویان با ایمان متعهد نگران آن هستند و نیز نگران اخلال توطئه‌گران که هم‌اکنون گاهی آثارش نمایان می‌شود و ملت مسلمان و پایبند به اسلام خوف آن دارند که خدای نخواسته فرصت از دست برود و کار مثبتی انجام نگیرد و فرهنگ همان باشد که در طول مدت سلطه رژیم فاسد کارفرمایان بی‌فرهنگ، این مرکز مهم اساسی را در خدمت استعمارگران قرار داده بودند، ادامه این فاجعه که مع‌الاسف خواست بعضی گروه‌های وابسته به اجانب است، ضربه‌ای مهلک به انقلاب اسلامی و جمهوری اسلامی وارد خواهد کرد و تسامح در این امر حیاتی، خیانتی عظیم بر اسلام و کشور اسلامی است». در این فرمان، حضرت امام به عده‌ای از اساتید حوزه و دانشگاه‌ها ماموریت دادند تا ستادی تشکیل دهند و از افراد صاحب‌نظر و متعهد از میان اساتید مسلمان و کارکنان متعهد و با ایمان و دیگر قشرهای تحصیل‌کرده، متعهد و مومن به جمهوری اسلامی برای تشکیل شورایی دعوت کنند و برای برنامه‌ریزی رشته‌های مختلف و خط مشی فرهنگی آینده دانشگاه‌ها، براساس فرهنگ اسلامی انتخاب و آماده‌سازی اساتید شایسته، متعهد و آگاه و دیگر امور مربوط به انقلاب آموزشی- اسلامی اقدام کنند. هدف تعطیلی دانشگاه‌ها، اصلاح نظام آموزشی کشور اعلام شد و فرصتی فراهم آورد تا ستاد انقلاب فرهنگی در ۳۰ ماهی که دانشگاه‌ها همچنان بسته باقی ماند، برای نظام آموزشی سامان تازه‌ای تعریف کند. پایان کار دانشگاه‌ها در خرداد ۵۹ و آغاز فعالیت‌های ستاد انقلاب فرهنگی منجر به اجرای طرح‌ها و برنامه‌هایی مانند تشکیل جهاد دانشگاهی، تدوین برنامه‌های آموزشی جدید، ادغام و انحلال برخی از دانشگاه‌ها، بررسی مدیریت دانشگاه‌ها، تدوین لایحه تربیت مدرس، تامین گزینش استاد، تشکیل مرکز نشر دانشگاهی، تشکیل کمیته اسلامی کردن دانشگاه‌ها، طرح اعزام محصل به خارج و طرح تقسیم مناطق آموزشی و هماهنگی با تقسیمات کشوری شد.
