ارتشبد قره‌باغی رییس ستاد مشترک ارتش شد

شانزدهم دی 1357، ارتشبد عباس قره‌باغی با اوج‌گیری تظاهرات مردمی علیه رژیم پهلوی، ریاست ستاد مشترک ارتش را بر عهده گرفت.  قره باغی پس از خروج شاه در یک اقدام بی‌سابقه تا آن روز که یک مقام نظامی بیانیه سیاسی صادر نمی‌کرد، پس از هماهنگی با بختیار، طی مصاحبه‌ای، ضمن تکذیب شایعه کودتای ارتش علیه دولت بختیار، گفت: برابر قوانین وآیین نامه‌های موجود ارتش هر گونه تمرد و عمل خودسرانه به‌شدت سرکوب خواهد شد. او اعلام کرد که ارتش از دولت قانونی حمایت خواهد کرد.  او در روز 6 بهمن 57 از فرمانداری‌های نظامی خواست تا با قاطعیت از هر گونه تجمعات و حرکت دسته‌ها جلوگیری شود و با هر گونه حمله انقلابیون به نقاط حساس شهر برخورد کنند. پس از ورود امام خمینی(ره) به ایران و اعلام ایشان مبنی بر تشکیل دولت جدید، این موضوع در جلسه کمیته بحران مطرح شد و قره‌باغی و سایر فرماندهان سرسختانه از دولت بختیار حمایت کردند. اما پس از حضور امام خمینی(ره) در ایران و اعلام همبستگی همافران نیروی هوایی با امام و تسلیم اغلب شهرها و عدم کارایی حکومت نظامی، سران ارتش از ادامه مقاومت مأیوس شدند. از این رو شورای عالی نیروهای مسلح در صبح روز 22 بهمن 58 در اتاق شورای ستاد بزرگ ارتشتاران تشکیل شد. در این جلسه پس از ارایه گزارش فرماندهان از وضعیت نیروهای خود و اظهارنظر چند تن دیگر در نهایت مساله بی‌طرفی ارتش به اتفاق آرا تصویب شد. در بیانیه‌ای که برای نخستین‌بار کلمه “شاهنشاهی “ از ارتش حذف شده بود، تاکید شد که ارتش از خواست ملت ایران با تمام قدرت پشتیبانی می‌کند.  متن اعلامیه ساعت 2 بعدازظهر از رادیو ایران پخش شد که طی آن از کلیه یگان‌های نظامی خواسته شده بود تا به پادگان‌های خود بازگردند.  قره‌باغی در خاطرات خود اعلام بی‌طرفی ارتش را یک نتیجه‌گیری منطقی و مناسب‌ترین راه‌حل برای اجرای دستورات شاه و حفظ تمامیت وحدت ارتش و جلوگیری می‌داند. لیکن وی از سوی بختیار و شاه متهم به خیانت در فروپاشی ارتش شد. هایزر نیز او را متهم به خیانت علیه همکارانش می‌کند و می‌نویسد که وی به دادگاه‌هایی که همکارانش را محاکمه و محکوم می‌کرد کمک می‌کرده است.  قره‌باغی در روز 23 بهمن 1357 هنگام اطلاع از تحت تعقیب قرار گرفتن وی از سوی کمیته انقلاب اسلامی در منزل یکی از دوستان خود به نام مستعار اردشیر مخفی گردید. وی در مدت چهارده ماه اختفا در تهران به‌طور مرتب محل اقامت خود را عوض می‌کرد. در این مدت به جز همسر وی در پاریس تنها چند نفر از محل اسکان او اطلاع داشتند. سرانجام قره‌باغی با همکاری چند تن از دوستانش توانست شناسنامه‌ای به نام «احمد کوپاهی، صادره در سال 1320 و متولد تبریز» جعل کرده روادید سفر به خارج از کشور دریافت کند. سپس با تغییر قیافه از طریق فرودگاه مهرآباد عازم پاریس شد. قره‌باغی پس از خروج از ایران بعد از مدتی سکوت در 12 خرداد 1359 طی بیانیه‌ای اعلام کرد که «در سقوط شاه و تغییر رژیم هیچ‌گونه نقشی نداشته است.»